Das Institut für Virologie bietet eine medizinische Doktorarbeit an

The Institute of Virology (Prof. Ulrike Protzer & Dr. Dr. Eva Schulte) and the Institute of Computational Molecular Medicine (Prof. Julien Gagneur) are offering a position of a Doctoral Thesis in Medicine (Dr. med.)
The Project

The goal of this thesis project is to characterize the genetic variations of SARS-CoV-2 viral strains and to assess co-infections and associations of genetic variants with disease severity and response to treatment. You will analyse an unpublished dataset consisting of several hundreds of viral genome sequencing samples collected longitudinally from hospitalized patients by the Institute of Virology (Prof. Protzer). Analysis of the data will be carried out in tight collaboration with the chair of Computational Molecular Medicine (Prof. Gagneur) who has established the bioinformatics pipeline that will be used to process the sequencing data.
Your Job
• Perform analyses of next-generation sequencing data of SARS-CoV-2 viral genomes that have already been sequenced, using a bioinformatics pipeline developed at the Institute of Computational Molecular Medicine
• Help in curating clinical data needed for the analyses
• Have a keen interest in performing computational tasks on your own
• Bring the motivation necessary to work on a time-sensitive and ambitious topic
• Be able to communicate in English in a highly collaborative scientific environment Our Job
• Offer a cutting-edge, multidisciplinary, state-of-the-art project to be published in a competitive scientific journal
• Provide continuous guidance and intensive training in innovative methodology
• Integrate you into our respective research teams
• Have a long track-record of successfully supervised MD and PhD theses Timeline
• Project duration 6 (full time) to 12 months (part-time)
• Availability to start as soon as possible
• Individual hours to be discussed with the successful applicant
The Next Steps
If interested, please write to jobs-gagneurlab@in.tum.de including your CV, copies of transcripts, a brief letter of motivation and evidence of programming skills (e.g. github repos or sending sharable code), should you have any. Programming skills, however, are not a requirement.
We are very much looking forward to hearing from you !

Das Institut für Virologie (Prof. Ulrike Protzer & Dr. Dr. Eva Schulte) und das Institut für Computational Molecular Medicine (Prof. Julien Gagneur) bieten zum nächstmöglichen Zeitpunkt eine Medizinische Doktorarbeit (Dr. med.)
Das Projekt
Ziel dieses Dissertationsprojektes ist es, genetische Variationen in SARS-CoV-2-Virusstämmen zu charakterisieren sowie hinsichtlich möglicher Assoziationen mit der Schwere und phänotypischen Ausprägung der COVID-19 Erkrankung und deren therapeutischem Ansprechen zu evaluieren. Sie werden einen unveröffentlichten Datensatz analysieren, der aus mehreren hundert viralen Genom-Sequenzierungsproben besteht, die mittels Next-Generation Sequencing (NGS) sequenziert und am Institut für Virologie des Klinikums rechts der Isar (Prof. Protzer) gesammelt wurden. Die Analyse der Daten wird in enger Zusammenarbeit mit dem Lehrstuhl für Computational Molecular Medicine (Prof. Gagneur) durchgeführt, der die Bioinformatik-Pipeline entwickelt hat, die für die Verarbeitung der Sequenzierungsdaten verwendet werden soll.
Ihr Beitrag
• Analyse von NGS-Sequenzierungsdaten von SARS-CoV-2 Virusgenomen mit Hilfe einer amInstitut für Computational Molecular Medicine entwickelten Bioinformatik-Pipeline
• Mitarbeit bei der Aufbereitung klinischer Daten für die Analysen
• Großes Interesse an der eigenständigen Durchführung von bioinformatischen Analysen
• Nötige Motivation, um an einem zeitkritischen und ehrgeizigen Thema zu arbeiten
• Fähigkeit zur Kommunikation auf Englisch in einem wissenschaftlichen Umfeld Unser Beitrag
• Ein kompetitives, hochaktuelles und multidisziplinäres Projekt, das zeitnah in einer wissenschaftlichen Fachzeitschrift veröffentlicht werden soll
• Kontinuierliche intensive Betreuung und Ausbildung in innovativer Methodik
• Integration in ein multidisziplinäres Forschungsteam
• Langjährige Erfolgsbilanz erfolgreich betreuter medizinischer und naturwissenschaftlicher Doktorarbeiten
Zeitleiste
• Projektdauer 6 (Vollzeit) bis 12 Monate (Teilzeit)
• Sofortige Verfügbarkeit
• Individuelle Stunden können mit dem/der erfolgreichen Bewerber/in koordiniert werden
Die nächsten Schritte
Bei Interesse schreiben Sie bitte mit Lebenslauf, Kopien relevanter Zeugnisse, einem kurzen Motivationsschreiben und dem Nachweis von Programmierkenntnissen (z.B. github repos oder sharable code) an jobs-gagneurlab@in.tum.de. Programmierkenntnisse sind jedoch keine Voraussetzung.
Wir freuen uns darauf, von Ihnen zu hören !