Klinisch orientierte experimentelle Doktorarbeit im Bereich Gastrointestinale Onkologie

Institut: Klinik und Poliklinik für Innere Medizin II Gastroenterologie, Klinikum rechts der Isar

Ansprechpartner: Dr. Melissa Barroux

Thema: Untersuchung des T-Zell-Repertoires bei Patienten mit Adenokarzinomen des Magen- und des gastroösophagealen Übergangs in Liquid biopsies

Beginn: nach Absprache 

Bewerbungsfrist: keine

Warum dieses Projekt?

Das lokal fortgeschrittene Magen- und gastroösophageale Adenokarzinom (GEAC) weist eine steigende Inzidenz und eine hohe Letalität auf. Patienten mit lokal fortgeschrittenem GEAC werden mit einer perioperativen Chemotherapie oder im Rahmen von klinischen Studien mit einer perioperativen Immunchemotherapie behandelt. Derzeit ist unklar warum manche Patienten auf eine perioperative Therapie ansprechen und andere nicht. In früheren Arbeiten konnten wir zeigen, dass die T-Zell-vermittelte Immunantwort das Therapieansprechen von GEAC Patienten bestimmt. Messungen der antitumoralen Immunantwort an Tumorgewebe, sind jedoch aufgrund der Invasivität der Biopsieentnahmen in ihrer zeitlichen Auflösung stark limitiert. Im  Rahmen der EVODAN-Studie werden deshalb an 8 Zeitpunkten Liquid biopsies von 80 GEAC-PatientInnen unter perioperativer Therapie gesammelt. Anhand der Liquid biopsies sollen zirkulierende Tumor-DNA und zirkulierende Immunzellen während der Therapie analysiert werden, um Tumorevolution und die T-Zell-vermittelte Immunantwort, sowie deren Einfluss auf das Therapieansprechen zu untersuchen.

Deine Aufgaben: 
Im Rahmen deiner Promotion wirst du: 

• eine Klinische Studie unterstützen: Die Probensammlung erfolgt im Rahmen der bereits etablierten EVODAN-Studie. Diese rekrutiert am Klinikum rechts der Isar und wird in Kürze an zwei weiteren Zentren initiiert. Du wirst bei der  Sammlung und Koordinierung von Patientenproben unterstützen und somit Einblicke in die Etablierung, den Ablauf und die Koordinierung einer klinischen Studie gewinnen.
   
• Charakterisierung der klinischen Kohorte: Du wirst klinischen Daten der EVODAN-Patienten aufarbeiten und lernen klinischen Daten auszuwerten.
   
• Molekulare Analysen durchführen: Du wirst an T-Zell-Rezeptor-Sequenzierungen am Tumormaterial und den gesammelten Liquid biopsies mitarbeiten, um das T-Zell-Repertoire zu mehren Zeitpunkten während der perioperativen Therapie zu untersuchen. Die molekularen Ergebnisse sollen mit den erhobenen klinischen Daten verknüpft werden um den Einfluss der T-Zell-vermittelte Immunantwort auf den Krankheitsverlauf zu untersuchen.
   
• Forschungsergebnisse aufbereiten: Deine Ergebnisse sollen in einer Publikation münden und auf wissenschaftlichen Kongressen vorgestellt werden.

Was dich erwartet:

• Bedeutungsvolle Forschung: Deine Arbeit trägt direkt dazu bei, Therapieansprechen bzw. Therapieresistenz zu charakterisieren und somit die Behandlungskonzepte für Patient*innen mit GEAC langfristig zu verbessern.
   
• Betreuung: Du wirst intensiv betreut, insbesondere durch Dr. Melissa Barroux, die sowohl in der Forschung als auch in der klinischen Praxis erfahren ist und zu 50% für Forschung freigestellt ist.
   
• Etabliertes Arbeitsumfeld: Die EVODAN-Studie ist bereits gut in den klinischem Alltag integriert. Die Zusammenarbeit mit der Biobank, welche die Proben aufarbeitet ist etabliert. Die Methodik der T-Zell-Rezeptor- Sequenzierung ist in Kooperationslaboren etabliert und du erhältst eine fundierte Einarbeitung durch Dr. Melissa Barroux.
   
• Individuelle Förderung: Du wirst bei der experimentellen Arbeit und den statistischen Auswertungen unterstützt. Die Präsentation deiner eigenen Ergebnisse auf Kongressen ist geplant.

Das solltest du mitbringen:

• Motivation und Interesse an Molekularbiologie und klinischer Forschung
   
• Spaß am experimentellen Arbeiten im Labor an einer angewandten Fragestellung – spezifische Vorkenntnisse sind nicht erforderlich.
   
• Wir setzen keine Statistik- und Programmierfähigkeiten voraus, erwarten aber ein Interesse daran, sich die Grundzüge anzueignen, um die Daten selbstständig auszuwerten.

Beginn und Dauer:
Der Einstieg ist flexibel und nach Absprache möglich. Idealerweise bringst du 1-2 Freisemester mit.

Kontakt:
Haben wir dein Interesse geweckt? Dann freuen wir uns auf deine Bewerbung (Motivationsschreiben, CV, relevante Zeugnisse) an: Dr. Melissa Barroux (melissa.barroux@mri.tum.de)
Wir freuen uns über Bewerbungen!